Peradilan Agama pada awalnya diatur dengan beberapa peraturan perundang-undangan yang tersebar di berbagai peraturan, yaitu Peraturan tentang Peradilan Agama di Jawa dan Madura (Staatsblad Tahun 1882 Nomor 152 dan Staatsblad Tahun 1937 Nomor 116 dan 610), Peraturan tentang Kerapatan Qadi dan Kerapatan Qadi Besar untuk sebagian Residensi Kalimantan Selatan dan Timur (Staatsblad Tahun 1937 Nomor 638 dan 639), dan Peraturan Pemerintah Nomor 45 Tahun 1957 tentang Pembentukan Pengadilan Agama/ Mahkamah Syari’ah di Luar Jawa dan Madura.

Kemudian baru pada tahun 1989 Peradilan Agama diatur dalam satu peraturan perundang-undangan, yaitu Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama. Dalam perkembangannya undang-undang ini mengalami beberapa kali sebagai akibat adanya perubahan atau Amandeman Undang-Undang Dasar 1945 dan undang-undang yang mengatur tentang kekuasaan kehakiman.

Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama dirubah sebanyak dua kali, yaitu dengan Undang-Undang Nomor 3 Tahun 2006 tentang Perubahan atas Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama dan Undang-Undang Nomor 50 Tahun 2009 tentang Perubahan Kedua atas Undang-Undang Nomor 7 Tahun 1989 tentang Peradilan Agama.

Secara umum, perkara-perkara yang ditangani oleh peradilan Agama:

A.  BIDANG PERKAWINAN

1. Izin beristri lebih dari seorang (Izin Poligamii).
2. Izin melangsungkan perkawinan bagi orang Islam yang belum berusia 21 tahun, dalam hal orang tua, wali, atau keluarga dalam garis lurus ada perbedaan pendapat (Izin Kawin).
3. Dispensasi kawin.
4. Pencegahan perkawinan.
5. Penolakan perkawinan oleh Pegawai Pencatat Nikah.
6. Pembatalan perkawinan.
7. Gugatan kelalaian atas kewajiban suami dan istri.
8. Perceraian karena Talak (Cerai Talak).
9. Gugatan perceraian (Cerai Gugat).
10. Penyelesaian Harta Bersama (gono-gini).
11. Penguasaan anak-anak.
12. Ibu dapat memikul biaya pemeliharaan dan pendidikan anak bilamana bapak yang seharusnya bertanggung jawab tidak mematuhinya.
13. Penentuan kewajiban memberibiaya penghidupan oleh suami kepada bekas istri atau penentuan suatu kewajiban bagi bekas istri.
14. Putusan tentang sah tidaknya seorang anak.
15. Putusan tentang pencabutan kekuasaan orang tua.
16. Pencabutan kekuasaan wali.
17. Penunjukan orang lain sebagai wali oleh pengadilan dalam hal kekuasaan seorang wali dicabut.
18. Penunjukan seorang wali dalam hal seorang anak yang ada di bawah 18 tahun yang ditinggal kedua orangtuanya.
19. Pembebanan kewajiban ganti kerugian atas harta benda anak yang ada di bawah kekuasaannya.
20. Penetapan asal usul seorang anak.
21. Putusan pengangkatan anak berdasarkan hukum Islam.
22. Putusan tentang hal penolakan pemberian keterangan untuk melakukan perkawinan campuran.
23. Pernyataan tentang sahnya perkawinan yang terjadi sebelum Undang-Undang Nomor 1 tahun 1974 tentang Perkawinan dan dijalankan menurut peraturan yang lain (Pengesahan Nikah/Itsbat Nikah).
24. Wali adhall (berdasarkan Peraturan Menteri Agama Nomor 30 tahun 2005 tantang Wali Hakim).

B. WARIS, WASIAT, HIBAH, WAKAF, ZAKAT, INFAQ, SHADAQAH

1. Gugatan waris
2. Penetapan ahli waris dan bagian-bagiannya
3. Permohonan harta peninggalan di luar sengketa
4. Wasiat
5. HIbah
6. Wakaf
7. Zakat
8. Infaq
9. Shadaqah

C. EKONOMI SYARIAH

1. Bank Syariah
2. Lembaga keuangan mikro syariah
3. Asuransi syariah
4. Reasuransi syariah
5. Reksadana syariah
6. Obligasi syariah dan surat berharga berjangka menengah syariah
7. Sekuritas syariah
8. Pembiayaan syariah
9. Pegadaian syariah
10. Dana pensiun lembaga keuangan syariah
11. Bisnis syariah

D. HISAB RUKYAT

1. Penetapan (itsbat) kesaksian rukyat hilal
2. Memberikan keterangan atau nasihat mengenai perbedaan arah kiblat dan waktu shalat

E. NASIHAT HUKUM ISLAM

1. Memberikan keterangan, pertimbangan dan nasihat tentang hukum Islam kepada instansi pemerintah di daerah hukumnya, apabila diminta.